面粉的水分、溫度，是貯存管理的中心工作，面粉水分控制在12%-13%以內，可防止面粉發熱、生霉、結塊等不良變化。

根據平衡水分的原理，水分13%左右的面粉，在儲藏環境相對濕度不超過60%時，面粉水分很少增加，所以在干燥的地區，面粉水分均勻，其常年因吸濕增加水分的現象并不嚴重，并有逐日下降趨勢。

在濕度大的地區或季節，就能顯著增加，由于面粉吸濕快，在較短時間內，就會出現較明顯的水分變化。

倉庫溫濕度變化，對面粉吸濕影響較大，面粉堆垛下部較上部吸濕增加水分快，瀝青地易于結露，更易增加下層空氣的濕度。倉庫內面粉堆垛周圍上下部位，相對濕度變化差異程度。因此，堆放日久的面粉堆垛，下部向上1-6層最易吸濕，每年7-8月份濕度大，溫度高時尤為明顯。為防止面粉吸濕，盡量做到覆蓋密閉，并在倉房面粉垛下層設草席、倉板等鋪墊物。

一般認為，面粉水分在13%以內，糧溫不超過30℃，或水分12%，糧溫35℃；水分13.5%-14.5%，糧溫不超過25℃，均為安全期，超越此限，就有可能發熱生霉。

面粉發熱主要是面粉水分、溫度較高時，由于霉菌的作用和面粉本身的呼吸旺盛而引起的。生蟲也能引起發熱。面粉發熱現象，一般都從堆心或下層開始。在面粉堆水分、溫度不均勻的情況下，發熱則從水分、溫度高的部位先開始，然后向四周擴散。　

面粉生霉一般從靠近袋皮接觸空氣的地方先開始。在實踐中，常可觀察到堆邊外面生有霉菌，而內部尚無霉變，這是由于外溫侵襲和面粉外層接觸氧氣較多，霉菌易于滋生繁殖。產生霉菌危害后，袋邊隨著結塊，這種面袋需要轉袋處理。

面粉在貯存中，堆垛下層易于壓緊結塊，貯存時期愈長，水分愈大，結塊就愈嚴重。沒有發熱發霉的一般結塊，搓包松散后沒有不良影響，曾經發熱、生霉的結塊面粉，就不易弄松，堆垛高度不應相同。

長期貯存的面粉要適當進行倒垛，交換上下的位置，防止下層結塊和水分嚴重增加。倒垛時要把原來在外層的仍放在外層，以免把外層水分較大的面袋放入堆中心，引起發熱。大量貯存面粉時，可以采取"推陳儲新"的辦法。因而必須嚴密計劃，妥善安排，新陳面粉分開堆放，避免互相混淆。